Dritan Prifti rikthehet në debatin politik duke ngritur akuza ndaj censusit për diskriminimin e popullsisë ortodokse. Duke qenë deputet i një zone ortodokse në Myzeqe, Prifti thotë se censusi ka deformuar numrin e ortodoksëve dhe kjo është dëshmi se në census janë futur duart e manipulimit. I pyetur nga gazeta Tema rreth këtij përfundimi, Prifti tha se në Shqipëri ka një axhendë anti-ortodokse.
“Nuk kisha asnjë dyshim qe regjistrimi popullsisë do godiste popullsinë ortodokse në Shqipëri. Zvogëlimi drastik i numrit të ortodokseve është jorealist. Urdhëruesit e regjistrimit ngatërrojnë minoritarët grekë me ortodoksët shqiptarë. Ata s’duhet të fusnin duart në regjistrim as për të zvogëluar numrin e minoritarëve grekë, jo më të zvogëlonte artificialisht numrin e shqiptarëve ortodoksë. Vetëm krahina e Myzeqesë ka më shumë ortodoksë shqiptarë sesa ka nxjerrë regjistrimi për gjithë Shqipërinë. Ky regjistrim më ofendon mua si ortodoks shqiptar. Ky tregon se dikush ne Shqipëri ka një axhendë anti-ortodokse. Ky provokim prish harmoninë fetare ne Shqipëri, për të cilën jemi krenuar prej dekadash. Dikush duhet të përgjigjet për këtë manipulim alarmant të bërë ditën me diell, me agjendë destabilizuese dhe përçarëse”, tha Prifti në një deklaratë për gazetën Tema.