Rikthimi i departamenteve në fakultetet përbën edhe një nga risitë e paraqitura në Raportin Përfundimtar të Reformës që do zbatohet në arsimin e lartë duke nisur nga viti i ardhshëm. Në raport citohet se departamenti merr më shumë kompetenca që lidhen me procesin e pranimit të studentëve, procesin e mësimdhënies dhe të kërkimit shkencor, por edhe në drejtim të karrierës për fitimin e gradës shkencore “Doktor i shkencave”, ku parashikohet që brenda departamentit të krijon strukturat e brendshme që do të merren me menaxhimin e këtij procesi. Në fushën e pranimit të studentëve në programet e doktoratës dhe të mbrojtjes së gradës shkencore, departamenti merr disa nga kompetencat e Këshillit të Profesorëve, i cili sugjerohet të mos funksionojë më. Si njësi bazë e zhvillimit të mësimdhënies dhe e punës kërkimore-shkencore, departamenti është përgjegjësi kryesor për llojet e studimeve që organizon në të gjitha ciklet e studimit, për kurrikulat e studimeve, si dhe propozon numrin e programeve që duhet të organizojë dhe numrin e studentëve për çdo program. Departamenti mundet të ndërtohet edhe në bazën e grupeve të kërkimit dhe të mësimdhënies në përputhje me fokusin dhe misionin që ai i ka vendosur vetes. Ndërkohë që nuk mund të ekzistojë nëse nuk ka programet e studimit mësimor dhe kërkimit shkencor. Të dy këto procese akademike, të mishëruara te çdo akademik, organizohen në nivel departamenti. “Departamenti duhet të menaxhojë fondet bazë të kërkimit shkencor, që shkojnë në departament nga burime të tjera. Departamenti duhet të ketë lirinë për të zhvilluar veprimtari për dhënien e shërbimeve për të tretë, sipas rregullave të përcaktuara, dhe të krijojë të ardhura nga kjo veprimtari, të cilat të riinvestohen në të mirë të veprimtarisë akademike të institucionit”, sqarohet në raport. Më tej përcaktohet se departamenti do të jetë përgjegjës edhe në caktimin e kritereve dhe kuotave të pranimeve për çdo program studimor të fakultetit përkatës. Departamenti duhet të ketë në përbërje të paktën 7 anëtarë të personelit akademik me kohë të plotë. Të punësuarit në departament mund të angazhohen edhe në qendra studimore e kërkimore të strukturave të arsimit të lartë. Drejtuesi i e departamentit duhet të mbajë titullin “Profesor” ose “Profesor i asociuar” dhe gradën “Doktor”, në qoftë se nuk ka konkurrencë. Drejtuesi i departamentit zgjidhet me mandat 4-vjeçar dhe nuk duhet të shërbejë në më shumë se dy mandate. “Sugjerojmë krijimin e postit të administratorit të departamentit, i cili do të merret me nevojat administrative dhe menaxheriale të departamentit, duke lehtësuar punën e drejtuesit akademik të departamentit. Ai mund të ketë nën varësi (sipas nevojave) një numër anëtarësh të personelit administrativ. Një administrator mund të mbulojë më shumë se një departament”, citohet më tej në raport.